一人旅を趣味とする少年、鍔貴伊織（つばきいおり）。
　 彼は愛されることを諦めた孤独な少年だった。今までもこれからも、自分は誰とも深く繋がることなく生きて、そして死んでいく。
　 そうなるだろうと思っていた。それでいいと納得していた。
　 『彼女』と廻り逢う、その時までは―
　
　 偶然訪れた鄙びた離島、枕島（まくらじま）。
　 縁もゆかりもないはずのその島で、伊織は予期せぬ歓待を受ける。
　 なんでも伊織は綿津蛟（わたつみずち）なる島の神に見初められたらしい。そしてこの来島自体が、予め定められていた運命なのだという。
　 荒唐無稽なその話を信じたわけではない。けれども伊織は島民たちの願いを聞き入れ、宝船祭（ほうせんさい）まで滞在することを決める。

　 島の生活を通じて、伊織は『因縁』ある３人と関係を深めていくことになる。
　 馴れ馴れしくも謎めいた青年― 設楽飛鳥（しだらあすか）。
　 昏い陰を湛えながらも、伊織だけには純粋な好意を向ける少女― 冴白美純（さえしろみすみ）。
　 そして、溌剌とした民宿の看板娘にして『蛟の巫女』― 湊志津香（みなとしづか）。
　 彼らは皆、伊織と同じく奇怪な痣をその身に宿していた。

　 少年を待っていたのは、不可解な既視感や偶然とは思えない『繋がり』の数々。
　 やがて彼は知ることになる。
　 この出会いが、1000年の時が織り成した呪いと情念の集大成であることを。