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遙かな宇宙の果てより地球に襲い来る、星々からの侵略者―― 宇宙人(レティキュリアン) 。
地球側はそれを察知し、あらゆる宇宙人たちの弱点がユーモアであるとつきとめた万城目博士を科学顧問にあて、防衛組織 『地球防衛軍』 を設立。
博士の打ち立てたユーモア理論を元に巨大ロボット 『メガラフター』 の製造を行う。
そして、地球唯一の 『Yの紋章』 を持つ青年・朝日奈真一が『メガラフター』のパイロットとして防衛軍にスカウトされることに。
戦うためには日々の積み重ねが大事、日ごろから他人に笑顔を与える ネタ ――マテリアルを集め、『メガラフター』の戦力となる CARD を作成していかなくてはいけない。
そして、進化と繁栄の代償に心を捨てた宇宙人たちに、 『笑顔』 を与えて打ち勝つのだ!